故事时间为战国时代，世上具有各种魑魅魍魉、异形妖怪等等总称为「暗」的存在。喜欢人类的暗·妖狐小玉，以及厌恶人类的仙道·迅火，姊弟两人进行著扫荡罪恶的救世活动。另外还有一群专门对付暗的僧侣·断怪众，他们以不人道的方式进行人体改造，迅火等人与他们产生激烈冲突！人类当中也有坏人，非人类的存在也不见得都是邪恶的，迅火因过去的事而极其讨厌人类，但在旅程当中，也逐渐目睹到人类善良的一面，他是否能有所转变呢……
在人与妖怪之间过着忙碌日子的夏目，偶然与以前的同学结城重逢，由此回忆起了被妖怪缠身的苦涩记忆。此时，夏目认识了在归还名字的妖怪记忆中出现的女性·津村容莉枝。和玲子相识的她，现在和独子椋雄一同过着平稳的生活。夏目通过与他们的交流，心境也变得平和。但这对母子居住的城镇，却似乎潜伏着神秘的妖怪。在调查此事归来后，寄生于猫咪老师身体的“妖之种”，在藤原家的庭院中，一夜之间就长成树结出果实。而吃掉了与自己形状相似果实的猫咪老师，竟然分裂成了3个——！？
由于混血的外貌和金色的头发，个性其实十分善良的少年羽濑川小鹰（木村良平配音）成为了众人孤立的对象，这让他十分的苦恼。同样的，脸色难看个性孤僻的少女三日月夜空（井上麻里奈配音）也只能在课后和自己幻想中的朋友有说有笑。这样两个孤独的人相遇了，一个专门为了交朋友而成立的社团“邻人社”应运而生。
没想到，社团一经成立，居然招来了诸多个性奇怪的美少女——喜欢玩美少女游戏的美少女柏崎星奈（伊藤加奈惠配音），外表是妹子实则是爷们的楠辛村（山本希望配音），超级高智商少女志熊理科（福圆美里配音），中二病重度患者羽濑川小鸠（花泽香菜）等等。这些没有朋友的家伙们聚在一起，居然也在不知不觉中交到了许多的朋友呢。
人类没有了咏唱，就不能使用魔术。 但是，有一个少女，把不可能变成了可能。 利迪尔王国魔术师的巅峰七贤人之一“沉默的魔女”莫妮卡·埃瓦雷特。 是史上第一个创造出无咏唱魔术的年轻天才。 但是…因为极度怕生而怯场的她，和使魔黑猫躲在深山里， 被公式书包围着，静静地埋头于魔术的研究。 在这样的情况下，七贤人的同事“结界的魔术师”路易斯·米莱来访。 路易斯对不知所措的她宣告了一条王命。 那就是——潜入贵族聚集的名校，护卫第二王子的绝密任务……。
本作品主角三桥廉是个希望自己成为所属球队王牌投手的少年，在中学时期被认为靠着爷爷是三星学园经营者的关系，才能成为该校棒球部的王牌投手，因此队友对三桥有着极大的反感，结果不但造成其在中学三年一胜难求，更导致他懦弱、自卑又孤僻的个性，甚至一度考虑放弃棒球。 三桥毕业后决定不直升三星学园的高等部，转赴埼玉县投考高校，并进入县立西浦高校就读。他在社团展览徘徊，之后抱着只是看看的心情走到棒球部，没想到意外被教练百枝麻里亚半强迫地加入，而且是全队唯一曾经固定担任投手位置的球员，顺理成章成为西浦高校棒球部的投手。 该校棒球部全体成员都是一年级，且刚从软式棒球转型成硬式棒球。三桥在捕手阿部隆也的引导下发挥出苦练而成的极精准控球能力，通过一场场的比赛、兼顾技术及心理层面的严格训练及队友间的紧密互动，三桥逐渐找到自信心及朋友间的信任感，全队携手朝着甲子园优胜的目标迈进。 【STAFF】 原作：樋口朝「振臂高挥」（讲谈社月刊「AFTERNOON」连载） 监督：水岛努 系列构成：黑田洋介 人物设定：吉田隆彦 总作画监督：高田晃、谷口淳一郎 动作作画监督：谷口淳一郎 音乐：浜口史郎 音乐监督：菊田浩巳 动画制作：A-1Pictures 制作：大振制作委员会 【CAST】 三桥廉：代永翼 阿部隆也：中村悠一 花井梓：谷山纪章 田岛悠一郎：下野纮 冲一利：佐藤雄大 荣口勇人：铃木千寻 巢山尚治：保村真 水谷文贵：角研一郎 泉孝介：福山润 西广辰太郎：木村良平 筱冈千代：福圆美里 百枝真理矢：早水リサ 滨田良郎：私市淳
4月2日，全新的游戏王动画始动！讲述18岁新主角集齐6（原五张）龙卡的全新故事！武藤游戏的时代数十年后的童实野町，演变成了阶级社会的未来都市——新童实野市。主人公不动游星驾驶着决斗盘的进化型D轮摩托以从下层区到上层区为目标奔驰。以夺走对自己和朋友很重要的卡星尘龙的为所欲为的竞敌·骑乘决斗的冠军人物杰克·阿特拉斯所在的决斗竞技场为目标，终于游星和杰克对峙了。怀着各自的坚定信念的他俩的王牌怪兽——星尘龙与真红魔龙展开激烈冲突！在二龙之战中忽然出现的神秘红龙，让游星的手臂浮现出了龙之印。由龙之印所引导的各自的命运在这一刻开始了。到底为朋友而战的游星前面等待着他的会是什么？龙之印所带来的到底又是什么呢？时代是游戏王GX后的几十年。决斗盘进化！骑乘决斗大为流行！在5D'S的时代，结合了摩托竞速与卡片游戏的竞技骑乘决斗，以骑乘型最新决斗盘D轮进行的高速感决斗十分流行，让观众也跟着狂热起来！新怪兽陆续登场！新动画当然也是充满各种决斗场面！从没见过的怪兽们正极度活跃之中。游戏王5D’S的卡片也有所不同了：新规则中白色同调怪兽卡追加！这次的新规则中添加了一种名为同调怪兽的白色卡片，能力：放在额外卡组，如果场上的对应协调怪兽和其他怪兽的等级合计与同步怪兽的等级吻合可以特殊召唤。 卫星区篇 以武藤游戏所在时代数十年后的童实野市为舞台。那时的童实野市被称为“新童实野市”，是一个根据身份高低分为上层地带和下层地带的阶级社会，流行着使用被称为“D轮（DWheel）”的摩托车型决斗盘决斗的“骑乘决斗（RidingDuel）”。不动游星在新童实野市的下层地带“卫星区（Satellite）”中与同伴们一起生活着。因被对手——骑乘决斗的KING“杰克·亚特拉斯”偷走了自己最重要的卡“星尘龙（StardustDragon）”，为了把它夺回，游星逃出了卫星区。 DuelofFortuneCup篇 再会后的游星与杰克在Stadium进行了骑乘决斗。在白热化的战斗展开途中，两人的手臂突然出现了印记，最后伴随着双方的王牌龙互相攻击，神秘的红龙出现了。得知此事的治安维持局长官雷克斯，将游星的同伴捉走作为人质，强迫他参加优胜者可以获得向KING杰克的挑战权的“DuelofFortuneCup”大赛。在这个大赛里被雷克斯吸引过来的游星、超能力决斗者十六夜亚纪、天才决斗少女龙可、还有杰克4人、都觉醒为“红龙的龙印者”，最后获得优胜的游星在与杰克的决斗中获得了胜利，成为了新的决斗王。 暗印者篇 原来FortuneCup是歌得温为了集合龙印者所举办。另一方面，一群名为“暗印者”的决斗者已经蠢蠢欲动，他们能够展开会令决斗者受到真实伤害的“黑暗决斗”，以及使用一种叫“黑暗同步”的新战法，以及在背后控制他们的“地缚神”。游星以建造连接卫星区和都市区的代达罗斯桥为条件，前往卫星区阻止“暗印者”的计划。 WRGP篇 与“暗印者”之战半年后，连接卫星区和都市区的桥梁终于完成，彼此的界线总算消失。全市还建造了大量专为骑乘决斗而设的高速公路，还开发了高速世界2取代以前的高速世界，世界大赛“WRGP”开幕在即，游星等人组成“5D'S队“参赛。然而，新的威胁已经悄悄地来临——神秘组织“太一”的三皇帝出现，使用可以吸收同步怪兽的“机皇帝”欲图毁灭童实野市，市区上空不时浮现不祥的黑影。双方在大赛决战相遇，这场战斗的胜负将决定童实野市的存亡。 弧线摇篮篇 虽然阿波利亚被打败，带来毁灭的黑影正体”弧线摇篮“还是出现了，童实野市危在旦夕。而主使这一切的”Z-ONE（忘-我）“也终于浮出水面，来自被破灭未来的他要毁灭灾祸的肇源童实野市改变未来。游星等人不能认同他的做法，登上”弧线摇篮“与”Z-ONE“展开最后的决战。最终，Z-ONE被游星击败，弧线摇篮消失，游星拯救了童实野市，平安归来。 后日谈 Z-ONE被打败数年后游星等人的故事。 副注 现在看到的故事剧情是在Z-ONE介入改变历史后的情况。原本的历史到暗印者就是最终BOSS，没有WRGP存在。之后游星与同伴参加各种国际大赛，在不断的磨炼中领悟“CLEARMIND”、加速同步、三角加速同步，成为将人类领向进化新时代的传奇人物。但在未来人类因为过快进化滥用同步而恶欲膨涨，招来毁灭。Z-ONE为改变介入了过去改变了历史，故事才有了现在的情况。
由于初中不幸的遭遇，个性十分要强认真的少年三桥廉（代永翼配音）放弃了良好的升学条件，决心单枪匹马远赴位于埼玉县的西浦高校就读。社团招新的当天，在半推半就之下，三桥加入了刚刚转型成功的棒球部担任投手的位置。一段高中校园中的热血棒球史诗就此展开。 棒球队中，三桥结识了一帮志同道合的好友，在充艰苦的训练和激烈的比赛中，彼此结下了深厚的友谊。个性大大咧咧但又不失细腻的捕手阿部隆也（中村悠一配音），叛逆不羁又格外可靠地外野手花井梓（谷山纪章配音），视力惊人的三垒手田岛悠一郎（下野纮配音）等人，在教练百枝麻里亚（早水理沙配音）的带领下，他们向甲子园的荣誉不断的前进着。